Heartstopper sigue la historia de Charlie Spring, un chico que va a un colegio solo para chicos, y que en la pasó terriblemente mal por salir del clóset el año pasado. Y por otro lado tenemosa Nick Nelson, un chico un año mayor que Charlie, miembro del equipo de rugby de la escuela y de los círculos sociales de los populares. Un día, en una clase común de ambos, el profesor los empareja como compañeros de mesa y así es como inicia una amistad entre ellos. Sin embargo, Charlie cae enamorado de él, y su relación se va 'complicando' y evolucionando.

Así pues, nos encontramos con una historia que envuelve temas como la vida escolar, adolescentes descubriéndose a sí mismos y adáptandose a ello, la familia, amigos, el bullying e incluso las enfermedades mentales y la autolesión.