Una ballena jorobada viaja desde la Antártida hasta las costas del Pacífico colombiano para dar a luz a su pequeño ballenato, pero se ve amenazada por un buque cazador de ballenas que navega por la zona y ha logrado escabullirse de las autoridades internacionales. Al mismo tiempo, Simón, Juana, Isabel y Lucas, acompañados de la tía Abigail, llegan a la isla Gorgona para embarcarse en un submarino en compañía de un famoso científico que estudia el corazón de las ballenas. Poco se imaginan los chicos lo que les espera a bordo y los peligros que deberán enfrentar para escapar de la persecución de los balleneros piratas que quieren atrapar su presa a cualquier costo.